علّت زندانى شدن آن امام مظلوم صلوات اللّه و سلامه عليه را طبق آنچه گفته اند، چنين است :
در آن سالى كه هارون الرّشيد به سفر حجّ رفت و در كنار قبر حضرت رسول صلى الله عليه و آله جمعى از بنى هاشم و از آن جمله امام موسى كاظم عليه السلام را ديد، كه جهت زيارت قبر آن حضرت حضور دارند.
هنگامى كه هارون الرّشيد نزديك قبر مطهّر رسيد، گفت : ((السّلام عليك يا رسول اللّه ! يا بنى عمّى !)) يعنى ؛ سلام بر تو اى رسول خدا!
اى پسر عمويم .
در همين حال ، امام موسى كاظم عليه السلام جلو آمد و هنگامى كه نزديك قبر مطهّر رسيد؛ اظهار داشت : ((السّلام عليك يا أ بة !))
يعنى ؛ سلام بر تو اى پدر.
هارون الرّشيد با ديدن چنين صحنه اى ، چهره خود را درهم كشيد و كينه و عداوت آن حضرت را بر دل گرفته و مصمّم بر تحقير و قتل حضرت شد.
مضافا بر آن كه سخن چينان دنياپرست و رياست طلب - كه در هر زمان بوده و هستند - از موقعيّت سوء استفاده كرده و در هر فرصت مناسبى بر عليه آن حضرت نزد هارون بدگوئى و سخن چينى نموده و او را بر عليه حضرت ، تحريك مى كردند.
تا آن كه هارون به بغداد مراجعت كرده و دستور جلب آن حضرت را صادر كرد؛ و حضرتش را در بصره زندانى گرداند.
و چون مدّتى را در آن جا سپرى نمود، به بغداد منتقل شده ؛ و در زندانى مخوف و وحشتناك تحت انواع شكنجه هاى جسمى و روحى محبوس گرديد.
در اين كه حضرت سلام اللّه عليه در چند مرحله زندانى شد؛ و نيز جمعا چه مدّت زمانى را در زندان سپرى نمود، بين مورّخين اختلاف است .